Hypothèses alternatives
Certaines personnes estiment que les agroglyphes, ou du moins certains, ne peuvent pas être des fabrications humaines. Ainsi, les motifs les plus complexes ne pourraient pas avoir été réalisés de façon secrète et dans la durée d'une seule nuit par un simple groupe de plaisantins, même organisés ; de plus, certains débris causés par des radiations sont très difficiles à reproduire. Elles tentent aussi d'argumenter en faveur de l'ancienneté des agroglyphes.
Plusieurs théories pour expliquer l'origine non humaine (naturelle, surnaturelle, extraterrestre) de ces agroglyphes ont été avancées depuis les années 1960. Au début du phénomène, deux hypothèses s'affrontaient : l« hypothèse naturelle » et l« hypothèse d'une cause ufologique ». De nombreux groupes marginaux proposent leur propre explication du phénomène, en accord avec leurs croyances, la plupart sans une réelle méthodologie ou rigueur d'analyse (voir liens externes). En effet, seule une approche scientifique rigoureuse (à l'instar d'une enquête policière sur la scène d'un crime), portant non seulement sur le relevé des indices physico-chimiques sur le terrain et particulièrement sur les indices communs à un grand nombre d'agroglyphes, mais aussi sur l'inventaire géographique, et dans le temps, des phénomènes recensés. Seule une telle méthodologie pourrait permettre de trancher en faveur d'une des quatre hypothèses émises à ce jour (humaine, naturelle, surnaturelle, extraterrestre). Le placement de caméras de surveillance dans les zones les plus concernées par ces phénomènes (tel le Wiltshire en Angleterre) devrait également permettre d'avancer dans cette investigation.
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